לרוב אנו מקשרים הלוואת משכנתא כהלוואה לרכישת דירת מגורים. אולם האמת היא שניתן לקבל הלוואה גם לרכישה של נדל"ן מסחרי מסוגים שונים, מה שמכונה משכנתא לנכס מסחרי. כאשר עסקינן במשכנתא בבנק לנכס מסחרי, הכוונה היא רק לחנות או למשרד; אם אתם מעוניינים לרכוש מפעל, קרקע חקלאית או משהו אחר, מדובר בעסקה אחרת, שאינה משכנתא לנכס מסחרי.
עסקת משכנתא לנכס מסחרי שונה במספר מאפיינים ממשכנתא לרכישת נכס למגורים. ראשית, משכנתא לנכס מסחרי נלקחת בבנק מסחרי, כלומר לא בנק משכנתאות. המשמעות היא שהוראות רגולטוריות של בנק ישראל בנושא משכנתא, אינן חלות על עסקאות משכנתא לנכס מסחרי. מכאן יוצא למשל, שאין הגבלה פורמלית על אחוז המימון בהלוואת משכנתא לנכס מסחרי. הבדל נוסף, הנובע מן הרגולציה השונה להלוואות אלו, הוא תמהיל המשכנתא; כלומר, במשכנתא לנכס מסחרי, אין הגבלה לתקרה של 33% בריבית פריים (כמו בנכס למגורים) וכדומה. כמו כן, היות ומדובר בהלוואה "רגילה", ולא בדיוק הלוואת משכנתא, הריביות יהיו גבוהות יותר מאשר משכנתא לנכס מגורים, וכן הפריסה תהיה קצרה יותר.
הבדל נוסף הוא בבדיקה המקדמית להלוואה: כאשר אתם מבקשים משכנתא לנכס מסחרי, הבנק יבצע בדיקה מסוימת ביחס לכדאיות ההשקעה שאתם מתיימרים לבצע. למשל, אם אתם מתכוונים לפתוח עסק כגון משרד או חנות בנכס, אזי הבנק יבדוק את המודל העסקי שלכם. לעומת זאת, אם אתם מתכוונים להשכיר את הנכס, אז הבנק יבדוק את שוק השכירות במקום, ויראה האם העסקה כדאית.
יש לציין כי ככל שהנכס הוא נכס להשקעה, יש הבדלים בין השקעה בנכס למגורים אל מול נכס מסחרי. למשל, בנדל"ן למגורים יש פטור ממס (עד לגובה מסוים) מהכנסה משכירות, פטור שלא קיים בנכס מסחרי. כמו כן, בנכס מסחרי ישנן עלויות גבוהות נלוות כגון ארנונה (שהרבה יותר יקרה בנכס מסחרי), מס רכישה (וכן מס שבח) גבוהים משמעותית בעסקה לרכישת נכס מסחרי. נצרף לכך את העובדה שבנכס מסחרי, הריביות כמעט תמיד יהיו גבוהות יותר, ולכן העסקה מושפעת מאוד מגובה הריבית במשק.